Das Markieren von Passagen (farbiger Marker) und Hinzufügen von Notizen gibt es in Apples iBooks2/Textbooks:
http://itunes.apple.com/app/id363448914?mt=8
Da gibt es Notizfunktion, Post-it Notizen, Hinzufügen von Handgeschriebenem etc., siehe Screenshots im Link.
Ansonsten kann ich den Good Reader für PDFs empfehlen, gibt es für iOS und Android:• Highlight your favorite passages and add notes with the built-in bookmarking features
http://itunes.apple.com/app/id363448914?mt=8
Da gibt es Notizfunktion, Post-it Notizen, Hinzufügen von Handgeschriebenem etc., siehe Screenshots im Link.